长江干流通天河大桥上游、通天河大桥断面水质均为Ⅲ类,水质良好,通天河大桥下游断面水质为Ⅳ类,水质轻度污染,相比Ⅲ类标准,污染物总磷超标倍数为0.45。长江出省境直门达断面水质为Ⅱ类,未达到Ⅰ类水质考核目标,影响指标为溶解氧。
长江支流巴塘河监测断面水质为Ⅰ类,玛可河监测断面水质为Ⅱ类。珠姆河、扎曲河断面水质均为Ⅲ类。